Ο Μανόλης Δρακάκης σπούδασε την Ιστορία στο Ρέθυμνο, στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης. Συνέχισε τις σπουδές του στην Αρχειονομία και την Παλαιογραφία στη Ρώμη, στις Σχολές Αρχειονομίας και Παλαιογραφίας του Βατικανού και αργότερα, στην Βενετία, στα Κρατικά Αρχεία της Γαληνοτάτης. Το 2012 αναγορεύτηκε διδάκτορας της Σχολής των Επιστημών της Αγωγής Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Εργάστηκε επί σειρά ετών ως Διευθυντής των Γενικών Αρχείων του Κράτους στο νομό Ηρακλείου (1993-2016), και ως ειδικό διδακτικό προσωπικό στο Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης της Σχολής Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης (2014-2018) και στην Πατριαρχική Ανωτάτη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης (1993-2007, 2013-2015).
Από τον Σεπτέμβριο του 2018 διδάσκει στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο, στο Τμήμα Αρχειονομίας-Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας, ως Επίκουρος Καθηγητής Αρχειονομίας.
Είναι επιστημονικός συνεργάτης της Βικελαίας Δημοτικής Βιβλιοθήκης Ηρακλείου και της Εταιρείας Κυθηραϊκών Ιστορικών Μελετών.
Τα επιστημονικά ενδιαφέροντα και οι δημοσιεύσεις του έχουν ως σημείο αναφοράς την Ιστορία της Κρήτης στην ύστερη περίοδο της βενετικής (15ος-17ος αι.), την περίοδο της ύστερης τουρκοκρατίας και της Κρητικής Πολιτείας (1830-1913), με έμφαση στην έρευνα των αρχειακών πηγών.
Είναι μέλος επιστημονικών εταιρειών: της Εταιρείας Κρητικών Ιστορικών Μελετών, της Ελληνικής Αρχειακής Εταιρείας, της Εταιρείας Ιστορικών της Εκπαίδευσης.
Από τις εκδόσεις ΤΟ ΔΟΝΤΙ κυκλοφορεί:
Η ιστορική μελέτη «Η Αγία Ζώνη στην Κρήτη το ’21» (2021)