Ο Στέφανος Θωμόπουλος ήταν επιφανής συγγραφέας και ιστορικός, τέκνο του Νικόλαου Θωμόπουλου – συμβολαιογράφου, Δημοτικού Συμβούλου, γόνου παλαιάς πατρινής οικογένειας εμπόρων – και της Πηνελόπης Μαργαρίτη, κόρης του εμπόρου Αναγνώστη Μαργαρίτη. Είχε έξι αδέλφια: την Ελισάβετ, τον Ζαχαρία, τη Σοφία, τον Γεώργιο, τον Αλέξανδρο και τον Κωνσταντίνο.
Η οικογένειά του καταγόταν από την Ήπειρο και εγκαταστάθηκε στην Πάτρα πριν την Επανάσταση του 1821. Πρώτος του εξάδελφος ήταν ο ζωγράφος Επαμεινώνδας Θωμόπουλος (1878 – 1976), ο οποίος διετέλεσε διευθυντής της Ανώτατης Σχολής Καλών Τεχνών και Πρόεδρος της Ακαδημίας Αθηνών. Η πατρική οικία του βρισκόταν στην πλατεία Γεωργίου Α΄, εκεί που σήμερα στεγάζεται η Εθνική Τράπεζα.
Τελείωσε το Α’ Γυμνάσιο Πατρών, όπου από ηλικία 12 ετών έγραφε στη σχολική εφημερίδα και το 1879 πρώτευσε μεταξύ των τελειόφοιτων σε έκθεση για την ιστορία της Πάτρας. Κατόπιν σπούδασε στη Νομική Σχολή Αθηνών, της οποίας αναγορεύθηκε διδάκτορας το 1885.
Μετά τη στρατιωτική του θητεία επέστρεψε στην Πάτρα, όπου άσκησε τη δικηγορία. Το 1911 διορίστηκε με διαγωνισμό στην Εθνική Βιβλιοθήκη, όπου εργάστηκε μέχρι το 1933, οπότε και συνταξιοδοτήθηκε. Το 1913, με εντολή του υπουργείου Παιδείας, μετέβη στη Μακεδονία για να καταγράψει τις βιβλιοθήκες των πόλεων και των μονών στις περιοχές της Φλώρινας, της Κορυτσάς, του Μοναστηρίου και της Κοζάνης. Διετέλεσε μεταξύ άλλων Έφορος της Σχολής Λαού Πατρών, ενός λαϊκού Πανεπιστημίου που ιδρύθηκε το 1869 από τον Αχαϊκό Σύλλογο.
Ο Θωμόπουλος συνδέθηκε από νεαρή ηλικία με τη μελέτη και συγγραφή της ιστορίας της Πάτρας. Εκτός από τις μελέτες που κυκλοφόρησε, αρθρογραφούσε σε όλες σχεδόν τις τοπικές εφημερίδες. Η δουλειά του έχαιρε αναγνώρισης και στους αρχαιολογικούς κύκλους, όπως συμπεραίνεται από τις αναφορές σε αυτήν που συναντώνται στα Πρακτικά της Αρχαιολογικής Εταιρείας.
Το 1888 εξέδωσε τον πρώτο τόμο του μνημειώδους έργου του «Ιστορία της πόλεως Πατρών, από των αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι του 1821». Το βιβλίο, που αποτελεί έκτοτε σημείο αναφοράς στη βιβλιογραφία της Πάτρας, αποτελεί το πρώτο παρόμοιο έργο για μια ελληνική πόλη, επανεκδόθηκε δε το 1950 από τον Πατρινό δικηγόρο και ιστορικό Κώστα Τριανταφύλλου με νέο υλικό, το οποίο είχε προσθέσει ο ίδιος ο συγγραφέας λίγο πριν τον θάνατό του. Είχε προηγηθεί το 1907 μια απόπειρα δεύτερης έκδοσης από τον βιβλιοπώλη Χρήστο Βαριαντζά, η οποία όμως αμφισβητείται αν κυκλοφόρησε. Η τέταρτη έκδοση κυκλοφόρησε το 1998-1999 από τις «Αχαϊκές Εκδόσεις», με επιμέλεια και σχόλια του ιστορικού Βασίλη Λάζαρη.
Μεγάλο μέρος του αρχείου του Θωμόπουλου, το οποίο αφορά κυρίως στον 19ο αιώνα και περιλαμβάνει τα χειρόγραφα της πρώτης έκδοσης του βιβλίου «Ιστορία της πόλεως των Πατρών», μαζί με 400 περίπου έγγραφα και επιστολές, βρίσκεται από το 1950 στη Δημοτική Βιβλιοθήκη της Πάτρας, μετά από δωρεά του Κ. Τριανταφύλλου.
- Χριστιανικαί εν Πάτραι επιγραφαί, 1883
- Ο Απόστολος Ανδρέας
- Α’ έκδοση: Εν Αθήναις: Βασιλικόν Τυπογραφείον Ιγγλέση – Παπαγεωργίου, 1899
- Β’ έκδοση: «Το Δόντι», Πάτρα, 2018
- Η Ιερά Μονή Ομπλού, Εν Πάτραις: Τύποις «Φοίνικος» Ηρακλέους Π. Ευμορφοπούλου, 1903
- Ο Παλαιών Πατρών Θεοφάνης, 1922
- Ο μέγας Δέρκων Γρηγόριος, 1928
- Η Χαλανδρίτσα, 1937
- Ο Λουδοβίκος Στόιμπ εν Πάτραις, 1938
- Περί Κερπινής, 1939
- Ιστορία της πόλεως Πατρών, από αρχαιοτάτων χρόνων μέχρι του 1821
- Α’ έκδοση: Εν Αθήναις: Εκ της βασιλικής τυπογραφίας Νικολάου Γ. Ιγγλέση, 1888
- Β’ έκδοση: Χ. Βαριαντζάς (αμφισβητείται το αν κυκλοφόρησε)
- Γ’ έκδοση: Κ. Τριανταφύλλου, 1950 (πρόλογος: Π. Κανελλόπουλος)
- Δ’ έκδοση: Αχαϊκές Εκδόσεις 1998-1999 (επιμέλεια – σχόλια Β. Λάζαρης)
Από τις εκδόσεις ΤΟ ΔΟΝΤΙ κυκλοφορεί:
«Ο Απόστολος Ανδρέας» (2018)